建所与初步发展（1958-1969年）

1957年，国家体育运动委员会将建立体育科学研究所纳入第二个五年计划。1958年，北京体育科学研究所在北京体育学院（今北京体育大学）筹建成立，北京体育学院副院长兼研究生部主任赵斌兼任科研所所长。

至1966年的8年内，科研所在人员、机构、研究领域等方面快速增长和发展，研究领域已涉及竞技体育中的田径、游泳、自行车、乒乓球、足球、篮球、排球等十多个运动项目，学科涉及运动训练学、运动生物力学、运动生理学、运动医学、体育信息情报等。这一时期科研工作的突出特点是为“一线”服务：深入实际，从实践出发，为运动实践服务，“抓住重点，集中力量打歼灭战”，为尖端运动员猛攻世界记录起到促进作用。

十年“文革”使刚刚起步的体育科学研究所陷入了全面瘫痪。1969年10月，在林彪“一号号令”的影响下，科研所被撤销。

恢复与稳步发展（1973-1998年）

1972年3月始，在周恩来等党和国家领导人、王猛等国家体委领导人的关心下，科研所开始恢复重建，1973年恢复建制。1978年，随着我国的改革开放，科研所体育科研事业也迎来了自己的“春天”，进入一个稳步发展的新时期。工作任务和重点逐步明确，学科建设进一步发展，取得了大量的科研成果。随着国家科技体制改革的不断推进，科研所于80年代和90年代中期分别进行了两次改革探索，通过有限资源的合理配置，调动一切力量，保障重点工作的完成，实现科技与运动实践更紧密的结合发展。

改革与快速发展（1999-至今）

2000年，科研所抓住科技部等12部委深化科研机构管理体制改革的机遇，积极稳妥地筹备和启动了改革。2001年1月，科研所被科技部列为29个公益类科研院所改革试点单位之一。2002年10月，科技部、财政部、中编办联合下发的文件中明确科研所正式组建为国家非营利性科研机构，揭开了科研所发展史上新的一页。

2004年以后，科研所以战略定位与长远发展目标为指引不断深化改革；工作中坚持国家目标、奥运备战为导向，积极开展备战2008年奥运会科研攻关与科技服务工作和国民体质研究工作，全面推进科研所各项工作上新台阶。2008年，科研所在圆满完成备战奥运会工作，获得丰硕成果的同时，积极做出改变，迎接后奥运时代体育事业发展的战略调整。

2015年以后，科研所坚持人才强所战略，坚持以改革促发展，科学制定了“十三五”规划，开展了新一轮体制机制的创新探索，并紧密结合体育强国建设、全民健身和健康中国战略、体育改革等新形势新任务，积极承担国家和体育总局的重大科研任务，开拓进取，主动而为，探索更广阔的发展空间。

这一时期，科研所人才队伍结构、基础设施和科研条件得到明显改善；科研实力稳步提高，科技成果产出显著增加，形成了良性发展态势。

　　2016年，出台《关于组建创新研究中心试点的指导意见》，相继成立了智慧体育创新研究中心、中国体育经济研究中心和体医融合创新研究中心3个创新型研究机构试点，采取更加灵活的管理方式，强化学术带头人科研自主权，最大限度激发科研人员创新活力。