从2004年到2008年，科研所进入新的历史发展时期。一方面，科研所需要圆满完成备战奥运会科研攻关与科技服务这一中心工作，处理好体制改革与机制转变的关系，处理好研究任务与学科建设之间的关系，处理好竞技体育科研与群众体育科研的关系，处理好非营利性科研机构不以营利为目的、同时培育自主创新与“自我造血”能力的关系；另一方面，科研所还面临着北京奥运会后可能发生的重大变革，迎接后奥运时代体育事业发展的战略调整。

　　2006年1月，国家主席胡锦涛在全国科学技术大会发表题为《坚持走中国特色自主创新道路，为建设创新型国家而努力奋斗》的重要讲话，提出把建设创新型国家作为未来的重大战略，到2020年把我国建设成创新型国家的战略目标。

　　从2004年至2008年，科研所与党中央、国务院的大政方针保持高度一致，逐步树立了以科学发展观为统领，以人为本、全面发展、协调发展、可持续发展，积极发挥科研工作在全面建设小康社会、建设创新型国家中的作用，着力提高推动体育事业和谐发展的创新能力，充分发挥体育科研工作在体育事业发展中的支撑保障作用。

　　2003年6月，李元伟所长调离科研所，国家体育总局任命田野为科研所副所长并主持工作，2004年11月，田野被任命为科研所所长。

　　2004年7月，科技部、财政部、中编办出台《关于印发部门属社会公益类科研机构改革工作评估验收指导意见（试行）的通知》，科研所根据文件精神开始进行有关验收的准备工作。自2001年1月科研所被科技部列为公益类科研院所改革试点开始，到2004年改革预期目标初步实现。2005年6月，国家体育总局召开了5个直属科研所改革验收准备会，全面部署了国家体育总局改革验收工作；6月下旬，科研所完成机构自查工作；7月下旬，国家体育总局通过了对科研所的部门验收工作，评估意见中明确指出：科研所“锐意进取、大胆创新，取得了实质性进展和阶段性成果”，“构建起现代化非营利性科研院所的管理体制，形成了“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，达到了科技部关于公益类科研院（所）管理体制改革、运行机制转变的总体要求”。“科研所已经基本实现改革实施方案中的目标，并已成为亚洲领先、国际先进的综合性体育科研机构。”

　　2004年后，科研所的体制改革与机制转变进入攻坚期。在改革与发展进程中，科研所深刻领悟科学发展观的科学内涵、根本要求与精神实质，紧密围绕国家发展战略与体育事业发展战略，针对科研所自身改革过程中面临的深层次问题，以科学发展观为统领，提出了“解放生产力、发展生产力”的战略构想。

　　在解放生产力、发展生产力的进程中，科研所逐步建立与完善了体育科研事业和谐发展、可持续发展的目标体系；进一步完善了矩阵式的组织结构，既有通过职能部门进行垂直领导的体制，又有以课题制为核心的项目管理体系，形成了以科研所自身优秀人才为依托，以联合科研攻关与综合科技服务为形式，形成了兼容并包、辐射全国的体育科研工作联合体。

　　理论与实践联系不紧密的问题，是关系到体育科研工作成效的重大问题。矩阵式组织结构的完善与体育科研工作联合体的形成，使科研所逐步成为推动高新技术成果在体育领域中应用的孵化器、支撑相关行业知识创新和科技进步的基石、联合国内外学者进行重大课题攻关和开展国际体育学术交流的中心、培养高素质一流体育科技人才的基地。2005年，国家体育总局段世杰副局长在检查指导科研工作中，高度肯定科研所的改革与发展工作，认为科研所在紧密结合体育实践开展科学技术研究与应用的过程中，充分体现了科研工作的价值与作用，全面提升了科研所的地位与影响。

　　在雅典奥运会结束之后，科研所在充分总结多年来体育科学研究与实践应用经验的基础上，根据国家体育总局、国家科技部关于体育科技体制改革与发展的战略方针，广泛征求所内外专家学者与管理者的意见建议，集思广益，出台了《国家体育总局体育科学研究所2005－2010年发展规划》。这一发展规划的出台与实施，是科研所体制改革、机制转变与解放科研生产力的重大举措，在宏观发展战略与阶段性发展目标上达到有机统一，形成了科研所不同研究领域、不同研究层面、不同运动项目的整体和谐发展的目标体系。

　　在制定与实施发展规划的过程中，科研所提出坚持国家目标，坚持以奥运备战为导向、坚持以提高国民体质为根本、坚持基础研究与应用研究相结合、坚持以人才为本的发展理念，进一步明确提出体育科研所在3个层面、4个优势发展领域、8个支撑学科和24个重点运动项目的研究工作，形成有机统一、和谐发展的目标体系与实施策略。

　　三个层面的研究工作是指：一、集中力量、重点突破，完成代表国家体育科技水平的示范性、模式性、规律性的研究工作；二、面向实践，扎扎实实做好备战奥运会等国际大赛的科研攻关与科技服务工作、国民体质监测与增进大众健康的研究工作，解决体育科技解决体育实践关键问题的能力；三、继续做好基础研究、开发前沿技术、坚持自主创新，为体育科技工作的可持续发展奠定基础。

　　四个优势发展领域是指：国民体质监测与运动健身研究领域；提高优秀运动员竞技能力研究领域；体育社会科学研究领域；体育工程学研究领域。

　　体育运动的特点，决定了体育科学技术研究与应用的多学科、综合性的本质特点，跨学科联合攻关成为科研所解决体育实践中关键科技问题的基本组织方式；因此，科研所在40多年的学科发展与积累的基础上，在充分把握学科建设的连续性与发展性的前提下，进一步明确了8个支撑学科：人体体质学、运动训练学、运动生理学、运动生物化学、运动医学、运动生物力学、运动心理学、体育测量学。

　　围绕我国优秀运动队、优秀运动员备战亚运会、奥运会等重大国际比赛开展科研攻关与科技服务，是科研所建所以来一脉相承的工作重点。通过总结与提高，科研所进一步确立将田径、游泳、跳水、赛艇和划艇、帆板、体操、蹦床、乒乓球、羽毛球、篮球、排球、足球、垒球、举重、摔跤、柔道、跆拳道、射击、射箭、自行车、击剑、网球、现代五项、冬季项目作为重点攻关和服务的运动项目。

　　2005年，科研所出台了《国家体育总局体育科学研究所备战2008年北京奥运会科技工作规划》，这一规划提出在备战2008年北京奥运会期间所进行的科研攻关与科技服务的总体目标是：在解决运动训练实践中的关键问题上有所突破；科研攻关与科技服务水平有新的提高；创新意识和创新能力有所体现；成为我国优秀运动员备战2008年奥运会的科技保障工作平台；形成一支能够切实解决训练实际问题，并能广泛调动社会力量、承担国家重任、不辱使命的精干队伍。为总体目标的达成与实现，规划还就科技工作的战略部署与重点内容、支撑条件与主要措施等关键内容做出了明确规定。

　　国家关于非营利性科研机构建立现代化科研院所制度体系的关键要求，包括理事会决策制、院（所）长负责制、科学技术委员会咨询制和职工代表大会监督制度。

　　2004年，根据改革发展要求和学科建设需要，科研所出台和修订了《引进人才暂行办法》、《在职职工攻读博士、硕士学位的暂行规定》、《在职职工继续教育管理办法》、《关于聘请名誉、客座研究员的实施办法》等制度。在一系列制度规范下，科研所进行了中层领导干部和高级专业技术岗位聘期考核和第二次聘任工作，开展了部分中层干部在总局系统内的公开选聘工作。科研所首次聘任客座研究员9人，为引进人才落实了科研启动经费。

　　2005年，科研所建立了职工代表大会监督制。科研所召开了首届职工（工会会员代表）大会，会议表决通过了《职工代表大会章程（试行）》、《改革工作报告》和《科研所2005—2010年发展规划》等3项决议。作为国家体育总局系统第一次正式成立职工代表大会的单位，科研所在加强和完善民主管理制度、落实职工参与民主管理和民主监督的权利方面迈出了重要的一步。2006年，科研所工会因此被中华全国总工会评为全国科教文卫体系统先进工会组织。

　　2005年，科研所建立科学技术委员会咨询制，制订出台了《科学技术委员会章程》，聘任所内外18位专家组建了首届科学技术委员会，这一制度的实施与完善，有力地促进、加强了科研所的科学决策和民主决策。

　　改革过程中，科研所进一步完善课题制，提高科研资源的使用效率，激发研究人员的创新潜能，引导研究工作更好地服务于体育实践。

　　2005年，科研所出台了《绩效管理办法（试行）》，该办法以岗位管理为基础，通过针对不同岗位的绩效目标，明确责、权、利和关键绩效指标，通过绩效评价、绩效反馈、绩效沟通，体现科研所的整体发展目标与发展方向。从2005年至2007年，科研所试行了3年的涵盖上级评估、同级评估、下级评估的绩效评估体系，结合科研项目绩效评分制度，形成了较为完善的绩效管理体系。通过多年来管理经验的总结与管理制度的完善，科研所在岗位管理、绩效管理与薪酬管理上形成了以科研所整体发展战略目标为导向、“公平、公正、公开”的用人制度体系。

　　中国体育科学学会是登记的全国性、非营利性的学术性群众团体，其最高领导机构是全国会员代表大会，理事会是会员代表大会的执行机构。2001年，根据国家体育总局事业单位改革要求，国家体育总局人事司《关于调整体育科学研究所机构编制和职能的通知》（体人字[2002]35号）要求：“经中央机构编制委员会办公室批准，决定撤销国家体育总局体育科学学会办公室，其职能划转体育科学研究所。”“同意将中国体育科学学会的常设办事机构设在科研所。”“同意科研所设立学会处和科技书刊部。”

　　学会处“是中国体育科学学会的办事机构，在中国体育科学学会常务理事会和所长、主管副所长的双重领导下开展工作”；科技书刊部“负责《体育科学》和《中国体育科技》两本学术期刊编辑出版工作的业务部门，主要职责范围是管理《体育科学》和《中国体育科技》两本杂志编辑出版的日常工作。”

　　2005年，科研所组建运动健康与恢复研究中心，该中心的职责与主要任务是：“主要开展运动医学、运动营养学等领域的基础研究和应用研究，逐步建立运动员健康与恢复监控体系。主要研究方向：医务监督、营养补充、体能恢复、伤病康复等。”

　　2005年7月，科研所在全国体育科技工作会议、全国反兴奋剂工作会议上作为体育科技界代表做了大会报告，科研所体制改革与机制创新取得的成功经验，以及在提高优秀运动员竞技能力研究、国民体质监测和健身方法研究、体育社会科学研究、体育仪器器材研究等四个重点领域取得的成绩，得到国家体育总局领导的充分肯定和与会代表的广泛认同。

　　2007年3月，根据《国务院办公厅转发财政部科技部关于改进和加强中央财政科技经费管理若干意见的通知》、《中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金管理办法（试行）》，科研所制定并出台《国家体育总局体育科学研究所基本科研业务费资助项目管理办法》。基本科研业务费资助项目用于科研所开展符合公益职能定位，代表学科发展方向，体现前瞻布局的自主选题研究工作。

　　基本科研业务费资助项目的出现，进一步完善了科研所以课题制为核心的项目管理体系。科研所既有以运动项目科技发展为主线的“公平竞争、择优支持”的竞争性课题任务，又有以学科建设为主线的“立足长远、引领未来”的应用基础性课题任务，还有面向国家目标、代表体育科技水平的示范性、模式性、规律性的课题任务，三者的有机结合，使课题制在发展体育科研事业上发挥了更为重要的作用。

　　为全民健身计划和奥运争光计划提供有力的科技支持，是科研所工作的主体。2004年至2008年，科研所正确处理好体育科技工作中“普及”与“发展”的关系。在人才的投入上、经费的分配上、仪器设备的使用上，根据科学发展观的要求与可持续发展的目标，努力做到不同研究领域、不同层面和不同运动项目科研工作的协调，形成科研工作整体协调与和谐发展的局面，进一步确立了体育行业科技排头兵的地位。

　　科研所群众体育科学研究与应用，以促进与增强我国国民体质为目标，以国民体质监测工作为主线，以研究与推广科学有效的全民健身方法为手段，在国民体质与运动健身研究领域深入开展科学技术研究与成果推广工作。

　　2005年是五年一度的全国国民体质监测年，科研所承担了国民体质监测的科研工作和技术指导工作，完成了《2005年国民体质监测工作手册》的编写、监测数据录入、软件的编制等一系列研究工作，完成了对全国各省（区、市）体质监测工作的工作检查和技术指导，有力地保障了全国国民体质监测工作的科学、有序运转。科研所大力支持澳门体质监测工作，对测试前的培训和技术考核严格把关，协助完成了2005年澳门体质监测工作。

　　国家国民体质监测中心完成了2005年国家国民体质监测指标体系的研究、测量工具的确定以及监测方案的制定,完成了《2005年国民体质监测报告》的撰写。2006年，国家国民体质监测中心获得国家体育总局“第二次国民体质监测工作贡献奖”，6名多年来在体质监测一线工作的科研人员获得先进“个人荣誉”称号。

　　2004年以来，科研所在群众体育研究领域获得中国体育科学学会科学技术奖一等奖2项。

　　在备战2004年雅典奥运会过程中，科研所为国家队580名运动员进行生理生化检测与机能诊断54800人次，并及时将诊断与评价结果反馈给运动员。

　　为更好地服务于北京奥运，2005年，科研所出台和实施了《科研所2008年北京奥运会科技工作规划》，在组织上、制度上确保竞技体育科研工作的主体地位。在备战2008年北京奥运会周期，科研所主要完成了三个方面的研究工作。

　　——完成国家体育总局具有指导作用的综合性研究项目，其中包括中国代表团在2008年奥运会期间的科技保障系统和指挥系统的研究、国家队科学训练信息化平台建设、我国技能类项目运动员参加重大比赛心理调控研究、潜优势项目科学训练的研究等一系列具有指导意义的综合性研究课题，集中力量，联合攻关，重点突破。

　　——围绕奥运会备战，面向竞技体育实践，开展专题性研究工作，包括高湿高温环境、高原训练、优秀运动员体重控制、运动员心理等研究课题，形成并完善了适应面广、可操性强、成效显著的方法与对策体系。

　　——长期深入运动队，全力做好优秀运动队科研攻关与科技服务工作，形成了科研任务来自体育实践、科研成果服务于体育实践的良性互动局面。

　　2004年以来，科研所共承担备战2008年奥运会科研攻关与科技服务项目85项，为我国优秀运动员开展各种测试达129,882人次。研制了多种专项训练器材；进行了应用降温背心的科研指导与服务，编撰出版了《雅典环境与气候咨询手册》、《运动员心理调节咨询手册》、《日记型——运动员心理调节手册》、《运动员心理调节功能性音乐光盘》、《高原训练指导手册》、《运动训练生理生化监控指导手册》等一系列工作手册及其相关工具。

　　备战2008年北京奥运会期间，国家体育总局共成立了4个2008年奥运会科技专家组；其中，高原训练、训练监控与恢复、心理调控3个专家组的组长由科研所专家担任。科技专家组的有效工作，促进了体育科技资源的优化配置与高效利用，更好地发挥国家队科研攻关与科技服务的整体效益。科研所还重点对18个运动项目（体操、跳水、举重、射击、乒乓球、羽毛球、蹦床、拳击、摔跤、跆拳道、游泳、花样游泳、田径、自行车、网球、篮球、足球、现代五项）的国家队进行了科研攻关与科技服务活动。其中，科研所的科技人员有13人担任了体操、跳水、举重、蹦床、拳击、摔跤、花样游泳、田径、篮球、足球、现代五项等11个运动项目的科研团队负责人；有21人担任了上述18个运动项目国家队的科研攻关与科技服务课题负责人。他们率领其科研团队或课题组成员对上述18个运动项目国家队的优秀运动员进行了卓有成效的科研攻关与科技服务。这些项目的国家队优秀运动员在2008年北京奥运会上共获得科研奖牌79枚。其中，金牌43枚、银牌15枚、铜牌21枚。另外，科研所2名专家参加了北京奥运会火炬传递活动，展现了体育科技人员对奥运会的支持与信心。

　　2006年开始，科研所承担了国家体育总局科教司委托的国家队信息化平台建设工作，规划、检查、监督与指导各项目国家队信息化平台的建设与使用，设计国家队信息化平台的中心数据库，为国家队信息化平台的建设与完善发挥了积极的指导与推动作用。

　　科研所与田径运动管理中心组织中国气象科学研究院、军事医学科学院、北京友谊医院、国家体育总局运动医学研究所、北京市体育局的专家和科研人员，就高温高湿环境对运动员竞技能力的影响及其对策进行深入研究，为我国优秀运动员备战北京奥运会找出了切实可行的对策。

　　科研所学会处作为中国体育科学学会的办事机构，在国家队运动营养品统一采购工作中，严格执行反兴奋剂“三严”方针和“四不”原则，在国家队运动营养品采购工作中严防违禁药物，确保营养品的卫生与安全，发挥了集中采购的优势，有效地满足了国家队训练、比赛的实际需求。

　　2004年，科研所承担并完成了奥运会科研攻关与科技服务课题34项（含总局重点招标项目），涉及田径、游泳、举重、跳水、体操、蹦床、水上、摔跤、乒乓球、羽毛球、篮球、排球、足球、击剑、现代五项等15个运动项目，几乎涵盖了我国的优势运动项目，为我国运动员取得优异成绩提供了重要的科技保障。

　　2004年至2008年，科研所获得国家科技进步奖二等奖2项；获得第28届奥运会科研攻关与科技服务奖一等奖2项、二等奖2项，三等奖3项，2006年中国体育科学学会奖一等奖2项、二等奖3项、三等奖2项。

　　科研所主持完成的应用研究成果《我国优秀运动员竞技能力状态的诊断和监测系统的建立》获得2004年中国体育科学学会科学技术奖一等奖；2005年，该成果获得国家科技进步奖二等奖。该项目整体设计、重点突破、分工负责的大课题联合攻关协作模式，体现了科研所作为国家级体育科研机构的“龙头”地位和作用。

　　科研所主持完成的《中国乒乓球竞技制胜规律的科学研究和创新实践》荣获2007年国家科技进步二等奖。该研究成果在深刻总结以往多年乒乓球科学研究的基础上，面对21世纪乒乓球运动的新形势，进一步深入研究乒乓球的竞技制胜规律，从而指导新一轮乒乓球运动的创新实践。

　　在体育社会科学研究领域，科研所坚持为体育事业改革与发展大局服务，2004年至2008年，科研所进一步拓宽体育社会科学研究视野，加强理论研究与实践应用的联系，有力地支持了国家体育总局和地方政府体育领域的政策研究与科学决策。

　　2005年，科研所完成的国家体育总局《体育事业“十一五”规划》前期研究《中外体育产业比较研究》，为体育产业改革与宏观决策提供了理论支撑；2006年，积极协助国家体育总局政策法规司《体育事业“十一五”规划》的编制工作；协助国家体育总局体育经济司开展我国“体育及其相关产业的统计体系”的研制工作；2007年，承担了“社会体育指导员管理系统”的研制工作；协助国家体育总局群体司举办了“青少年体育俱乐部管理干部培训班”；此外，还承担了《篮球文化建设大纲》的研制工作，起草了我国第一个关于运动项目文化建设的指导文件。

　　2004年，科研所体育人文、社会科学研究成果获中国体育科学学会科学技术奖三等奖3项；2006年，获国家体育总局体育社会科学优秀研究成果一等奖1项、二等奖1项、三等奖1项。

　　从2004年开始，科研所进一步将体育工程领域的研究与应用作为培育自主创新能力的重点，申请并获得专利2项、中国体育科学学会科学技术奖二等奖1项。科研所还与英国大使馆文化教育处联合主办“2006中英体育工程学术交流会”，出版了《中英体育工程研讨会论文集》，全部文章已被ISTP收录。

　　科研所逐步加强实验室建设，加大科研仪器设备投入，仪器设备整体水平达到国内体育行业领先水平。“运动训练综合监控”、“运动心理训练”两个国家体育总局重点实验室，在重点满足备战奥运会科研攻关与科技服务测试、实验工作任务的同时，逐步建立健全规章制度建设，形成了共享共用的开放机制。2007年，两个重点实验室顺利通过了国家体育总局组织的检查验收并正式挂牌。

　　2005年，科研所积极倡导、精心组织国际、国内学术交流与协作。与美国体能协会在体质监测、健身研究等诸多方面达成合作意向，并邀请专家到科研所讲学、座谈。科研所组织召开“体育科研协作会议”，与北京、山东、江苏、上海、湖南、广东等6省市签订科研合作协议，在科技人才、实验条件等方面共建共享。这种“1+6”科研合作模式，发挥了科研所作为国家级体育科学综合研究机构的带头作用，形成了体育科研工作联合体的雏形与跨学科、多行业、多层次联合攻关的模式。

　　2004年，科研所响应国家开发西部的号召，根据国家体育总局“群众体育年”系列科普宣传活动的总体部署，国家国民体质检测车开赴西部5省（自治区）举办“体质检测西部万里行”活动。从2004年6月27日至8月5日，历时40天，行程1万多公里，在18个市（县）为近2000名群众开展体质检测，并开展针对性的科普讲座活动。

　　2005年，在全国科技活动周暨北京科技周中，科研所承办了“科学、运动、健康、和谐”大型科普互动展。这是与人们健康密切相关的体育科普第一次出现在全国科技周的活动中，整个展览占地3,000平方米，全部资金是科研所按照市场化方式筹集的。该公益展产生了良好的社会影响，也受到了科技部、全国科技周组委会的高度评价。

　　奥运会后，在党中央、国务院召开的北京奥运会、残奥会总结表彰大会上，科研所竞技体育研究中心获得“先进集体”荣誉称号，丁雪琴研究员获得“先进个人”荣誉称号；在国家体育总局、中国奥委会召开的北京奥运会表彰大会上，科研所有3个部门获得 “2008年北京奥运会突出贡献集体” 荣誉称号，有9位同志获得 “2008年北京奥运会突出贡献个人” 荣誉称号。

　　从1999年到2008年，是科研所在改革开放过程取得巨大成就的十年，也是体育科研事业逐步树立科学发展观、形成和谐发展新局面的十年。十年的改革发展，十年的不懈努力，科研所以丰硕的科研成果为中国竞技体育的腾飞、国民体质水平的提高发挥了科技第一生产力的积极作用，形成了一支以国内知名的学术技术带头人为主体的高水平人才队伍。在改革、稳定与发展的进程中，科研所日益彰显出多学科综合型、社会公益类体育科研机构的特色，使学科建设与实现国家目标、完成体育行业领域的现实任务得到有机统一，科研所被誉为“体育科技工作的国家队”、“体育行业科技进步的排头兵”。

　　科研工作为体育实践服务，是科研所50年来一脉相承的核心价值观。回顾历史，一个国际一流的现代化综合性的体育科学研究所已经建成。瞻望未来，中国体育将跨入全面融入经济、社会和人的发展的新阶段，这将为体育科技事业提出更为艰巨的挑战。作为国家体育科技事业的主力军，我们任务艰巨、责任重大，同时，我们也满怀豪情，去迎接新的挑战。